Jaja se proizvode iz kloake kokoši nesilica, a crijevni mikroorganizmi se vezuju za površinu, a veliki broj patogenih bakterija se inficira u zagađenom okruženju. Istraživanja uzorkovanja su pokazala da 10 posto jaja nosi salmonelu na površini, a 64 posto E. coli na površini jaja ozbiljno je premašilo standard.
Mikroorganizmi i patogene bakterije na površini jajeta ući će u jaje kroz bezbroj pora na ljusci jajeta i razmnožavati se u velikim količinama, ozbiljno utječući na kvalitetu jajeta i nanijeti štetu jedu. Jedini način da se spriječi kontaminacija jaja je brzo čišćenje i dezinfekcija nakon što je jaje proizvedeno, ubijanje štetnih bakterija, uklanjanje njihovih zagađivača i potpuno uklanjanje raznih klica i štetnih tvari koje su neizbježne u procesu proizvodnje peradi.
